在表觀遺傳學研究領域，染色質可及性分析已成為理解基因調控機制的核心手段。然而，從細胞樣本到高質量的ATAC-seq數據，研究人員常常面臨流程繁瑣、試劑分散、低起始量樣本信號弱等挑戰。作為染色質分析領域的開-創者，EpiCypher基于成熟的CUTANA™技術平臺，正式推出CUTANA™ ATAC-seq Kit（Cat# 14?1121?24rxn）及相關配套產品。ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）是一種被廣泛應用的表觀基因組學技術，用于解析染色質可及性。該技術利用高活性 Tn5 轉座酶在開放染色質區域切割基因組 DNA 并同時接上測序接頭；轉座片段產物經 PCR 擴增，得到可直接用于二代測序的文庫。

開放染色質區域富集各類功能元件，包括啟動子、增強子、轉錄因子結合位點，為解析基因調控機制提供多層次信息。因此 ATAC?seq 可以用于對比不同細胞類型、發育階段、疾病狀態、藥物處理條件下的調控組圖譜。

CUTANA™ ATAC?seq 試劑盒搭配兼容 Nextera 的 CDI 引物套裝（Cat# 14?1190?24rxn），提供構建 24 個測序文庫所需的核心試劑，文庫一致性與靈敏度優異。如需購買該產品或Epicypher公司其它產品，請聯系代理商欣博盛生物。

主要優勢：

• 簡化且快速的工作流程：基于成熟 Omni?ATAC?seq 方案，采用八聯管、磁珠純化，整套實驗僅需數小時完成。

• 高質量以及可重復性數據：可穩定產出高質量開放染色質圖譜（可見以下數據展示）。

• 廣泛的樣本兼容性：已通過細胞和細胞核樣本驗證，包括從組織樣本中提取的凍存細胞核。

• 低起始量要求：雖然標準反應推薦 50?000 個細胞核；但在低至1?000個細胞核的情況下也可產出高質量數據，適合珍-稀樣本與低起始量實驗。

圖一：CUTANA™ ATAC?seq 完整工作流程示意圖。將分離好的細胞核與預裝載 CUTANA™ Tn5 轉座酶混合；該轉座酶在一個 tagmentation（片段化）步驟中同時切割可及染色質并插入測序接頭，這一反應賦予了 ATAC-seq 快速和簡便的特征。轉座反應終止后，使用 SPRI 磁珠純化 DNA（無需離心柱、無需 pH 調節步驟），隨后使用雙索引引物通過 PCR 進行擴增和唯-一索引；再次使用 SPRI 磁珠純化，去除引物與接頭二聚體。對最終文庫進行定量、混樣，即可開展標準 Illumina 雙端測序。其轉座片段化、純化、加索引整套步驟經過協同優化，在廣泛的起始量范圍內均可產出穩定、高信號的染色質可及性圖譜。

 圖二：在低起始量的條件下，CUTANA™ ATAC-seq試劑盒性能優于主流競品 A 試劑盒。

分別使用 CUTANA™ ATAC?seq 試劑盒、競品 A 試劑盒，以 K562 細胞核開展 ATAC?seq，樣本起始量設置三個梯度，分別為50000，10000，1000個細胞核。結果顯示：CUTANA 試劑盒在每個起始量下均維持高質量數據；競品 A 試劑盒在低樣本量條件下數據質量急劇下滑。

(A) 高表達基因位點 (GAPDH，15?kb)、中表達基因位點 (VAMP2，11?kb)、低表達基因位點 (SLC12A5，35?kb)（表達水平依據 RNA-seq 劃分）。CUTANA 試劑盒在 5 萬、1 萬、1 千細胞核條件下均維持穩定峰信號；競品 A 信號逐步減弱，1000 核時幾乎無信號。 (B) TSS 富集（±2?kb，共 23235 個基因）：CUTANA 試劑盒在每個梯度的起始量下均保持很強富集；競品 A 急劇下降，1000 細胞核時幾乎無富集信號。

圖三：CUTANA™ Tn5 轉座酶性能與主流競品B轉座酶表現相當。將 CUTANA™ Tn5 轉座酶、競品 B 轉座酶分別搭配 CUTANA 試劑盒，使用 K562 細胞核開展 ATAC?seq。在5萬和1萬細胞核的樣本起始量下均可產出相當的高質量數據。(A) 在 RNA-seq 界定的不同表達層級基因座上，高表達（GAPDH，15 kb）、中表達（VAMP2，11 kb）和低表達（SLC12A5，35 kb的基因組瀏覽器軌道圖顯示，兩種轉座酶在兩種起始量下的峰位置和峰形基本一致。(B) 在5萬與1萬細胞核起始量條件下，兩種轉座復合物的 TSS 富集（±2 kb 范圍，共 23235 個基因）水平相當 (C) 在 50k 細胞核起始量下兩種轉座體的合并峰集 (67,277 個峰, ±2 kb) 處，信號相當，其中 CUTANA™ Tn5 轉座體顯示出略微較高的整體信號

重要提示：

盡管ATAC-seq 試劑盒包括整個流程所需的一切，但 Nextera 兼容引物套裝對實驗成功至關重要，因此建議在每次購買試劑盒時一并購買該引物套裝。

另外，CUTANA™ Tn5 酶不僅性能出色，也具備很強的價格優勢。為方便您評估驗證，我們特別推出了多種靈活的包裝規格，最小僅 25 μl。您可以先用小規格輕松試用，在確認性能表現后再按需升級至更大包裝，以最-低成本完成從現有品牌到 CUTANA™ Tn5 酶的平滑轉換。

訂購信息：

試劑盒組分：

相關配套產品：

詳情請聯系 EpiCypher 授權一級代理商-欣博盛生物